本系為全國技職院校唯一培育海洋環境工程專業人才之系所。九十二年成立研究所碩士班， 本系強調整合性案例研究，將理論與實務操作結合，並著重現場採樣技術、實驗室分析及 污染事件之緊急應變技能，培育全方位之海洋環境保育高級實務人才。
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